概述

KAPA NGS FFPE DNA QC 试剂盒在构建 NGS 文库之前提供可靠的基于 qPCR 的人类 FFPE DNA 样本鉴定和推荐输入评估。每个试剂盒都包含优化的高性能 qPCR 主混合物、DNA QC 标准和预混形式的引物。引物针对人类长散在核元件 (LINE)，提供更高的灵敏度并最大限度地减少 QC 所需的样本量。

与 DNA QC 标准相比，样本质量通过对短扩增子和长扩增子的相对定量来评估。计算出的标准化质量分数 (Q 分数) 用于计算所需的样本输入量，这为高质量文库制备提供了最大的可能性。使用该试剂盒生成的 Q 分数可用于预测文库制备的结果并优化 FFPE DNA 样本的文库构建参数。

KAPA FFPE DNA QC 试剂盒已在 KAPA HyperPETE 组织 DNA 工作流程中验证，但理论上可能与 KAPA HyperCap FFPET DNA 工作流程兼容。

KAPA NGS FFPE DNA QC 试剂盒的优势

·       最大限度地提高受损 FFPE DNA 样本的成功率

·       在一次测定中以最少的投入评估质量并推荐投入

·       通过灵活且易于自动化的工作流程节省宝贵的时间

KAPA NGS FFPE DNA QC 试剂盒的原理

KAPA NGS FFPE QC 试剂盒通过比较 LightCycler ® qPCR 检测中较大 (191-bp) 扩增子和较小 (66 bp) 扩增子的扩增情况来评估样本质量，该检测使用针对人类长散在核元件 (LINE) 的引物。针对 LINE 元件可以从极少量的输入 FFPET DNA 中产生更强的信号，从而获得更灵敏的结果并很大程度地减少 QC 测试样本的使用。这可以对质量进行可靠的评估，该质量评估是整个基因组的平均质量，而不是单拷贝的管家基因。此外，与分光光度法和电泳法相比，qPCR 检测在评估样本质量方面具有更高的灵敏度和准确性。

比较这两个 qPCR 检测的相对扩增结果可得出样本的 Q 值，该 Q 值可与已知数量的 QC PCR DNA 标准进行比较，作为样本质量的指标。然后可适当调整低质量样本的输入 DNA 量，以提高文库制备成功的可能性。

最大限度地提高受损 FFPE DNA 样本的成功率

质量调整输入（Q 输入）显著改善了 KAPA HyperPETE 组织 DNA 工作流程中低质量 (LQ)、中等质量 (MQ) 甚至高质量 (HQ) FFPE DNA 样本的测序覆盖率指标。

图 1 . 使用 KAPA NGS FFPE DNA QC Kit 的质量调整输入，与未调整的 10 ng 输入相比，KAPA HyperPETE Pan Cancer 和 Hot Spot Panels 的测序覆盖率指标显著提高。低质量 (LQ) FFPET DNA 样本的标准化 Q 分数范围为 0.042 至 0.2。在 KAPA HyperPETE 组织 DNA 工作流程中，质量调整（Q 调整）输入范围为 60 至 248 ng。

图 2 . 质量调整输入（Q 输入）显著提高了 KAPA HyperPETE 组织 DNA 工作流程中 KAPA HyperPETE Pan Cancer Panel 覆盖的面板外显子的百分比，提高了 500 倍或更多。与 10 ng 的覆盖率相比，低质量样本（LQ）显示出明显的改善。但是，中等质量（MQ）甚至高质量（HQ）样本也可以通过使用 KAPA NGS FFPE DNA QC Kit 计算的 Q 输入受益。